Параметры командной строки:
-notextures Не извлекать "вшитые" текстуры.
-xpcagey Если компилировали с помощью инструментов XP-Cagey и оптимизаторов.
-origin N Change the dimensions of created origin brushes to NxNxN.
mapname Имя карты для декомпиляции.

В папке с программой создайте Bat файл для более удобной декомпиляции.

Синтаксис Bat файла:

BSPTwoMAP.exe mapname de_dust2.bsp -notextures
pause

pause Команда для того чтобы окно не закрывалось сразу после декомпиляции.

Для пакетной декомпиляции необходимо поместить несколько карт в папку с программой а в Bat файле прописать уже несколько строчек.

Синтаксис Bat файла для пакетной декомпиляции:

BSPTwoMAP.exe mapname fy_pool_day.bsp
BSPTwoMAP.exe mapname de_dust2.bsp -notextures
BSPTwoMAP.exe mapname de_inferno.bsp
pause